手术室消毒的方法较多，主要包括4类，即手术室空气消毒、手术室地面消毒、手术室人员手消毒和手术器械消毒，具体方式如下：
一、手术室空气消毒：
1、紫外线消毒法：用紫外线照射的方法杀灭空气中悬浮的细菌；
2、层流法：层流手术室用吸附的方法吸附空气中悬浮的细菌并杀灭；
3、静电吸附消毒器：用静电吸附的原理吸附空气中的细菌并杀灭。
二、手术室地面消毒：
可用各种含氯消毒剂与巴氏消毒液来擦拭手术室地面。
三、手术室人员手消毒：
传统方法是用酒精或碘伏浸泡手，目前有各种消毒剂涂抹手术人员的手臂。
四、手术器械消毒：
1 、高压蒸汽灭菌法：主要用于能耐高温的手持器械，如手术刀、手术剪、手术钳等；
2、化学熏蒸法：如用环氧乙烷熏蒸，主要用于不耐高温、高压的手术器械，如电子胃镜、电子肠镜、腹腔镜器械。
综上，手术室的消毒、无菌是手术安全的保障，除有各种消毒方法外，还要辅以手术人员的无菌观念和手术室的无菌管理制度。