EMR和ESD均为内镜下手术操作，EMR为内镜下黏膜切除手术；ESD为内镜下黏膜下切除手术。两者区别为EMR手术位置较浅，ESD手术位置较深，已达黏膜下层。
手术过程中，EMR及ESD手术目的大致相同，主要为切除肠道内肿物。如果肿物位于黏膜层，手术范围较浅，可以进行EMR手术。但很多息肉或肠道癌前早期病变，可能肿物已经侵犯黏膜层或黏膜下层，则需通过ESD手术方式，对肿瘤进行切除。由于手术操作方式为内镜下完成，患者经历更小手术创伤，而且随技术不断进步，手术设备不断完善，手术安全性较高。如果肿物较大需进行外科手术切除，才 能保证手术治疗的安全性和有效性。