鳃裂囊肿手术后，多数患者恢复比较顺利。但也存在部分发生概率较小的并发症，常见的并发症如下：
1、术后近期出血与感染：因颈部神经、血管比较丰富，且瘘管中有细菌寄生，导致术后有一定出血、感染的概率。但因手术会避开大血管，因此出血量较少。且通过正规治疗，感染控制率可以在1%-2%；
2、复发：因鳃裂瘘管走行比较复杂，存在一定的复发风险。其中最容易复发的是第三对鳃裂瘘管，称为梨状窝瘘，在颈部手术中属于比较复杂的手术。因为瘘管走行比较深，与甲状腺紧贴，瘘管可能会有分支。切除过程中可能有细 分支残留，导致术后复发的发生率较普通手术高；
3、疤痕：疤痕大小与鳃裂瘘管的类型有关，部分鳃裂瘘管深，则刀疤较粗、较长。瘘管比较浅，则刀疤较小。部分鳃裂瘘管切口为1.5-2cm，而部分则为3-4cm。