对于Rathke囊肿的处理，包括观察、手术。多数Rathke囊肿患者无症状，当患者在完善检查如精细检查后，若高度怀疑是Rathke囊肿，并非垂体瘤或颅咽管瘤的情况下，可以选择观察，因为患者无症状，无需进行处理。对于有症状的Rathke囊肿，患者需要积极处理，通常是通过经鼻的微创手术进行切除。通常在以下情况，患者需要进行积极的手术处理：
1、患者在观察囊肿的过程中，发现其进行性增大；
2、Rathke囊肿压迫周围组织并引起相应症状，如压迫垂体引起垂体功能分泌旺盛或低下，或是向上生长压迫视交叉而引起视力下降。以及进一步长大而引起颅内压变化，患者出现 头痛的表现。如果头痛无特异性，应先考虑是否为神经内科常见的血管炎性头痛或肌肉紧张性头痛，排查后再考虑是Rathke囊肿引起的头痛。