肠套叠目前的发病原因还不清楚，主要是近端肠管套到相邻的远端肠管，套叠后就会形成梗阻，产生临床症状。因为套叠后梗阻，表现为腹痛、不排大便。如果套叠时间较长，肠道的血供出现问题，回流障碍就表现为便血，所以表现为腹痛、不排大便、便血等3个临床表现。
有的患儿只表现为突然哭闹，因为肠子会有节律地蠕动，如果套在一起，会出现节律性痉挛疼痛，，所以患儿会出现阵发性哭闹，这是比较典型的临床表现。还有套叠后，刚开始套叠可能会比较紧，2个肠管交叉得比较紧，会出现淤血的表现。此种表现更首发、更明显，以便血为首发症 状。
到医院诊断，首先做腹部B超，可以明显看到套叠头随着肠道的节律蠕动而蠕动，诊断就会比较明确。