手太阳小肠经起于小指，走行于上肢背侧的后缘，背侧指的是手背这一侧，起于小指之后。小肠经走行于小臂，也就是前臂背侧的后缘，然后走大臂绕到肩膀之上，在肩膀上绕几个来回进入颈部，最后再走行于面部，终止于内眼角，就是目内眦。
小肠经的走行决定其主治，一般来说头、面、五官的各种疾患，如眼睛干、眼睛涩、鼻炎、牙龈肿痛、耳聋、耳鸣等都会选用小肠经的穴位，颈椎病、颈肩综合征、肩周炎等各种肩关节的疼痛、活动受限，都会选取小肠经的穴位进行治疗。小肠经内通于脏腑，尤其是内连小肠，因此小肠经也发挥着小肠分清泌浊的作用，对各种消化不 良、小便不利，也会选取小肠经的穴位进行治疗。