卵巢囊肿手术之后可能会或多或少影响病人的月经情况，因为手术过程中对卵巢进行了程度不一、轻重不一的操作。而卵巢本身是内分泌器官，子宫内膜可能会有少许脱落，很多病人在经过卵巢囊肿手术之后，在当月可能出现月经提前或手术结束的几天时间之内，可能会有一点月经流血，也属于正常状况。而比较严重的情况是在卵巢功能手术之后，病人月经稀发甚至停经，这种情况相对严重。因为卵巢囊肿手术，在去掉卵巢囊肿的过程中，实际上对卵巢本身可能会起到程度不一的破坏作用。
切除卵巢囊肿时保留部分卵巢组织，在该过程中，可能会形成本身的卵巢功能储备上的破坏。生殖科医生若进行卵巢 囊肿手术，会站在保护卵巢功能的角度进行操作。通过相对减少电能量损伤，采取卵巢水分离的办法进行卵巢囊肿的去除，并在去除之后通过合理缝合技术，最大限度的保护卵巢功能。