胃十二指肠溃疡穿孔术后疼痛主要原因是手术创伤和手术创伤以后产生的炎性物质引起疼痛，这种疼痛一般持续几天，最痛时间是在术后48小时以内，根据疾病严重程度，手术大小以及术后需要恢复功能长短，术后疼痛持续时间不同。
若患者经过规范手术治疗，术后给予正规感染控制，疼痛会尽早缓解。待患者恢复饮食以后，逐渐从流质向半流质乃至于普通饮食过渡。过渡时可能会有腹部胀痛不适，应遵照医嘱合理进食，并常规给予抑酸、保护胃黏膜药物等进行治疗。若腹痛再次加重，要告知主管医师，由医师判断是否为腹腔内残余感染引起腹腔脓肿或穿孔没有愈合 导致病情反复。
术后出现穿孔未愈合、消化道瘘，胃液、肠液可经穿孔部位再次流入腹腔，正常腹腔一般是密闭、清洁，而酸性胃液和碱性肠液具有高度腐蚀性，可致化学性腹膜炎，进一步发展合并细菌性腹膜炎，会使患者疼痛剧烈。若患者穿孔术后存在引流不畅，感染未控制，可能发生腹腔脓肿，例如膈下脓肿、盆腔脓肿或肠间隙脓肿。患者可能出现脓肿部分持续性钝痛、深呼吸加重，出现发热，早期可能为驰张热，以后可能发生持续性高热，需引起高度重视。