桂枝茯苓丸治疗卵巢囊肿部分有效，若卵巢囊肿直径<3cm，连用3个月桂枝茯苓丸通常会起到较好效果，或卵巢囊肿3-5cm，口服桂枝茯苓丸3个月以上评估，卵巢囊肿会缩小。
对于炎性卵巢囊肿，连续用几个疗程桂枝茯苓后，炎性卵巢囊肿通常会得到明显吸收，所以桂枝茯苓丸治疗部分卵巢囊肿比较有效。
停用药物后，卵巢囊肿可能再长出来，对于较大卵巢囊肿，比如卵巢囊肿直径超过5cm，不建议应用桂枝茯苓丸进行治疗，超过5cm的卵巢囊肿如果连续存在超过三个月，建议手术探 查。
部分女性惧怕手术，且没有明显卵巢囊肿是恶变的证据，想尝试用桂枝茯苓丸治疗，在充分告知患者利弊情况后可以试用，几个疗程治疗后卵巢囊肿可能有一定缩小，但5cm的卵巢囊肿不太容易完全缩小，甚至消失。