任何治疗手段都是双刃剑，血液透析尽管好处诸多，也有一定副作用。常见副作用具体如下：
1、清除其他营养物质：血液透析可以清除毒素，但同时也清除体内部分营养物质；血液透析能清除分子量500D以下毒素，而许多营养物质分子量在500D以下，如体内的左旋肉毒碱的分子量是161D，体内大部分维生素B族分子量小于500D，血糖也会被透析清除；
2、β-2微球蛋白淀粉样变：血液透析清除小分子物质，中等和大分子物质清除能力有限，如人体β-2微球蛋白分子量是1万多，长期透析也无法清除干净，β-2微球蛋白会积聚产生淀粉样变；
3、抗凝剂危害：血液透析会使用抗凝药物，人体 内血液经过血管流动，血液接触管路后会发生凝血，此时需要用抗凝剂，而抗凝剂会对身体造成一定损害.
尽管血液透析有副作用，但总体利大于弊，它是维持和挽救生命可缺少的治疗方案。所以广大患者无需过于担心副作用，副作用发生几率较小，应该听从医生指导，在必要时应该积极进行血液透析。