输卵管妊娠最常见的原因，是输卵管的炎症、输卵管的手术。一般是由于输卵管手术和输卵管炎症导致受精卵游动受限，受精卵游走速度变慢，使受精卵在输卵管壶腹部着床，形成输卵管妊娠。
输卵管妊娠是一种常见的异位妊娠，因此在临床上，需注意尽量避免输卵管手术和输卵管炎症，如应该避免不必要的流产、输卵管整形，或者不必要的输卵管手术。
另外，随着目前辅助生育技术的提高，这种辅助生育技术也可能会增加输卵管妊娠风险，有极少部分通过辅助生育技术，也就是试管婴儿受孕的孕妇可能会发生宫内怀孕合并宫外孕，这种情况的发生概率在以前较为少见，但目前辅助生育技术提高和普及 ，这种情况变得比较多见。
因此综上所述，临床认为输卵管妊娠最常见的原因，是输卵管炎症、输卵管手术，如输卵管复通手术、输卵管处的宫外孕开窗取胚手术等，以及目前比较常见的试管婴儿辅助生育技术。