核磁和CT都是断面成像，但两者成像原理是不一样的。CT是X射线计算机断层扫描的英文缩写，是应用X射线成像的，有一定辐射；核磁检查就是MR检查，是根据体内质子，也就是氢原子的含量及其它特性成像，没有X射线辐射。两者都能进行全身各部位检查，但CT和磁共振各有优点和缺点。
首先讲磁共振，对颅脑、脊髓，也就是神经系统和韧带、肌肉，显示较为清楚；磁共振可以直接进行多方向成像，且各方向的图像是同等的、高质量的；MR所用参数较多，对判断病变的组织来源较好，有利于病变的性质判定；MR所使用的对比剂也相对的安全。对CT对比剂使用有禁忌症的情况，可以选用MR增强扫描代替CT增强扫描。MR对骨皮质钙化、气体等显示都不好；MR检查时间较长，一般在半小时以上，容易产生伪影，不适用于急诊检查；MR检查价格比较昂贵，是CT检查价格的3-4倍，不能在基层医院普及，这些就是磁共振的优点和缺点。
现在我们来说CT，CT对骨皮质钙化和气体显示较好，但对软组织分辨比不上MR检查；CT检查时间较短，一般2-10分钟可以完成，比较适宜应用在急诊；有射线辐射是CT检查最大的缺点，不能随意应用于孕妇和新生儿检查，以上就是CT的优点和缺点，可以看出CT跟磁共振的区别。