脑CT可以检查绝大部分的脑部疾病，比如脑梗塞、脑出血、脑肿瘤、脑炎。脑CT还可以排查很多疾病，包括脑血管病、炎症性疾病、肿瘤性疾病。
脑CT在脑梗塞的24-48小时之内可能不显影，但48小时之后，脑CT就可以显影，一些小梗塞可能不显影，但稍大一点的梗塞可以看到。脑出血、脑肿瘤拍脑CT可以第一时间看到，一目了然。绝大部分的脑炎可以通过脑CT看出病灶，但有部分脑炎病灶不明显，或者脑CT影像与普通脑组织影像相似，所以也有可能看不到。
脑CT诊断帕金森或癫痫不是那么明显，癫痫主要通过脑电图，帕金森可以通过核磁共振或者PET-CT。CT还可以看CTA或者CTP，其中CTA是CT底 下的血管成像，CTP是CT底下的灌注成像。