在月经的不同期，卵巢的大小各不相同，通常在月经刚结束时卵巢最小，而月经即来潮时卵巢最大。主要与卵巢激素作用于卵巢有关，一般在卵泡生成素的作用下，每个周期当中会有1个卵子发育，卵泡发育并逐渐长大，然后成熟，卵巢也随之长大，如果排卵以后卵子没有和精子结合，黄体则会在14天内萎缩。
黄体萎缩后会分泌雌孕激素，有时会增长比较大，从而形成黄体囊肿，黄体囊肿的大小通常＜5cm，所以在月经的后半期卵巢比较大。随着黄体的萎缩，雌孕激素下降，卵巢又恢复到最小水平。如果是生理性增大，在月经后会消失、变小，如果是病理性的囊肿 ，月经后仍然存在。