结核性脑膜炎的早期脑底渗出物，可因为及时治疗而完全吸收，临床可以无症状或症状完全好转，治疗后可无后遗症。但诊断和治疗被延误时，可能会出现后遗症，后遗症主要与炎症侵犯部位相关，具体如下：
1、颅底炎症由脑膜侵犯脑实质时，可能遗留意识障碍及精神障碍；
2、炎症若累及脑血管引起脑软化时，可能遗留偏瘫、癫痫发作、失语；
3、炎症若波及间脑，可能遗留严重的自主神经功能紊乱，患者表现为呼吸异常、循环障碍、胃肠紊乱、体温调节障碍、肥胖、尿崩症等；
4、累及椎体外系后可能会遗留各种异常运动，例如四肢手足徐动、震颤、舞蹈样运动；
5、累及桥脑及延髓时，可能导致患者的进食、吞咽、发音均出现严重障碍；
6、渗出物粘连和压迫，可能导致呼吸中枢麻痹而死亡等。
据统计，成人结核性脑膜炎的病死率可达15%-20%，主要后遗症中肢体运动障碍占20%-25%，视听觉障碍占10%，智力障碍占6%。