导致孕酮低的原因是内分泌失调、卵巢功能有问题，由于黄体功能不足，进而导致孕酮偏低。怀孕时如果孕酮低，容易造成先兆流产，孕酮过低会使胚胎停止发育。所以在怀孕的时候，如果发生了孕酮偏低，往往会补充一些孕激素，以帮助胎儿发育。
在非孕期，如果孕酮偏低，就会出现月经紊乱，往往会表现月经经期的延长或来月经前就有阴道出血，这时候往往会用一些孕激素类药物来调节月经。还有一种情况，由于孕激素水平偏低，子宫内膜只有雌激素的影响，而使得子宫内膜增厚、过度生长。
这时如果发生了子宫内膜的脱落，就会造成大出血，有时还会引起月经淋漓不尽或不止，有的人会出血20多天。如果子宫内膜，由于过度雌激素刺激，而没有孕激素抵抗，有时内膜还会发生一些病变，所以这时医生往往会用孕激素来治疗、来调节月经。