儿童矮小症治疗时间需要根据不同原因判断，如果是生长激素缺乏的儿童发现后需要马上治疗，而特纳综合征的儿童，也需要尽早开始治疗。如果是小于胎龄儿(SGA)引起的持续矮小，在3岁左右开始治疗。如特发性矮小，在孩子做检查比较方便时可以考虑治疗，如6-7岁治疗较合适。
不要错过骨骺闭合时间，年龄越小治疗效果越好。年龄较大的儿童增长潜力较差，治疗效果较差。骨骺如果闭合，即失去治疗的机会。男孩骨骺闭合通常在16岁左右，之后生长潜力较差。女孩骨龄在14-15岁时基本骨骺闭合，所以需要尽早治疗。如果骨骺闭合，治疗机会较少。