先天性膈疝一旦临床确诊，大部分病人都需要积极手术治疗。手术禁忌症主要涉及到病人手术的耐受能力问题，如果出现严重呼吸困难、血氧饱和度下降，不能耐受全身麻醉，或者本身合并有严重心肺先天性疾病、营养不良的患儿，不能够耐受手术。当然排除以上手术禁忌的情况下，大部分患者确诊以后还是建议通过积极手术治疗。
先天性膈疝患儿通过积极手术治疗以后，一般不会留下后遗症。也有一些可能出现术后并发症，主要表现为手术后疼痛、肌肉紧张、呼吸困难，也可以出现复位以后消化道出血表现，患者出现贫血或者反流性食管狭窄、吞咽困难，手术后导致呕吐、肺不张 、血气胸、肠粘连，出现相应肠梗阻的表现。大部分病人通过积极治疗以后，可以达到痊愈目的。