对于毛囊炎的治疗，需根据毛囊炎的严重程度、病变范围确定，还需考虑属于单纯毛囊炎还是其他疾病的反应。若患者存在个别毛囊炎，则外用药物进行治疗即可。若患者存在细菌感染引起的毛囊炎，通常会选择夫西地酸、百多邦等抗生素外用药进行治疗。
此外，在较多部位可能存在毛囊炎，且除毛囊炎外还可能出现其它改变，如粉刺、结节、囊肿甚至化脓性汗腺炎等。若上述疾病与毛囊炎合并，则患者需要到皮肤科就诊，判断毛囊炎属于单纯毛囊炎、痤疮的反应，还是毛囊闭锁三联征、毛囊闭锁四联征。若存在上述疾病合并毛囊炎，则患者需要治疗 原发疾病才能控制毛囊炎的症状。