随着现代医学技术的进步、显微技术不断的发展以及对蛛网膜囊肿疾病认识的不断深入，目前蛛网膜囊肿手术风险已经不是很大，应该是神经外科较常规的手术。但任何手术都有一定风险，有时蛛网膜囊肿囊壁与血管粘连较紧密，手术可能撕破血管壁，出现出血或囊肿内容物流出，导致无菌性炎症，但此类情况目前较少见。
大部分蛛网膜囊肿都是在进行颅脑CT或磁共振检查时无意中发现，无明显临床症状，不会对患者造成危害，一般不需要进行任何治疗。只有少部分蛛网膜囊肿会引起明显临床症状，需要进行手术治疗，手术治疗方法包括直接切除囊肿和置管引流，疗效较好。