皮脂腺囊肿的手术大多采取局麻手术，因皮脂腺囊肿通常较小，切除范围也较小，局麻即可。通常十几秒可打完麻药，全程浸润3-5分钟，皮肤吸收后再手术切除则不疼。但麻药因人而异，部分人对局麻药较敏感，可无痛感。而部分人对麻药敏感性较差，如较能喝酒患者，此时打麻药量比其他人稍多，但疼痛程度不重。
因皮脂腺囊肿的手术切口可能为1-2cm，为此无需全麻手术。若严重怕疼，也可采取全麻方式切皮脂腺囊肿。但如果皮脂腺囊肿发生感染，此时可增加麻药量或采用静脉麻醉。因感染伤口通常切除范围较大，且由于组织水肿，局麻药效果不佳，需采取全身麻醉。