会厌囊肿手术的后遗症较为少见，会厌囊肿手术的患者在术后可能会存在囊肿复发。会厌囊肿指黏液腺腺口被堵住，黏液不停分泌而形成囊肿。通过手术可将囊肿切除，但旁边的黏液腺可能存在炎症而重新形成囊肿。此外，患者会出现咽部异物感。因为会厌是黏膜覆盖的小软骨，而会厌囊肿发生在黏液腺上，且手术中需进行止血，下方黏膜缺失后需对创面进行上皮化，新形成的黏膜与原有黏膜有所不同，所以患者通常会出现咽部异物感。
若会厌囊肿手术后创面较大，建议患者进食1-2周的半流质及软食。由于目前采用 低温等离子射频手术的方法较为普遍，所以手术后患者的疼痛感较轻。患者在2周后复诊时，创面表面的白膜通常已经脱落，1个月后即可观察到完整的上皮化创面，并且创面已经变得较为干净、光滑。