胃肠道间质瘤是现在较常见的发源于胃肠道间叶组织的恶性肿瘤，但胃肠道间质瘤发病的原因及诱因尚未明确，所以没有具体的措施可以预防间质瘤的发生。临床上可通过查体早期发现间质瘤，尤其是40岁以上人群，应定期接受胃肠镜检查。胃肠镜完全正常时，可以3年左右进行胃肠镜复查。看到胃或肠道中有黏膜隆起时，需进行深入检查，包括内镜超声检查，以便早期发现胃肠道间质瘤。
胃镜加上内镜超声可对肿瘤大小以及侵犯胃壁的层次、深度进行较为准确的预测和测量。根据不同情况，医生可制定不同治疗策略，如体积小且无高危因素的间质瘤，可以定期观察；较大的间质瘤则需进行相应的干预。早期的间质瘤经过胃肠镜进行黏膜切除或黏膜更深层局部切除即可治愈，无需开刀或进行腹腔镜手术即可达到治疗目的。