角膜移植术后的并发症较多，具体包括以下方面：第一排斥，第二是原发病复发，第三是青光眼，第四是白内障。
角膜移植由于使用同种异体或生物工程角膜，组织相容性可能会出问题，所以会发生排斥。病毒性角膜炎容易复发，角膜营养不良可能会引起新的感染，需要再次手术。手术对眼内有所扰动，部分患者房角本身不是非常健康，且常年使用糖皮质激素会引起眼压升高，造成青光眼。另外，术后点用糖皮质激素会引起激素性白内障，手术对整个晶体的代谢也会有一定的影响。
上述并发症大部分可防可治，只要配合医生的治疗，定期到医院复查，很多时候可以避免也可以治疗。