隐球菌脑膜脑炎常见的后遗症通常有以下几种：
1、认知障碍： 慢性的脑积水引起的认知障碍，由于隐球菌性脑膜脑炎颅压较高，脑脊液的蛋白含量会较高，病程较长。脑膜脑炎好转或者恢复后，脑脊液的改变比较慢，容易引起梗阻，导致压力持续下不去，蛋白持续升高，此时脑脊液的回流和重吸收发生问题，从而出现慢性脑积水。患者的主观的症状可能有头痛、视乳头水肿，有些患者逐渐会出现认知障碍、痴呆以及小便无法控制、步态障碍等，这些都预示着可能出现了脑积水，要及时进行处理和检查、治疗；
2、癫痫发作和智能障碍：隐球菌性脑膜脑炎是脑膜为主，但有部分患者脑实质也是有损害。即使疾病好转，部分患者会遗留一定程度的智能障碍和癫痫发作，但发生率不是特别高，是可控的。