艾滋病由艾滋病毒所引起，艾滋病毒主要攻击人体免疫系统。免疫系统对人体至关重要，对人体抵御病原微生物，包括细菌、病毒、真菌、原虫等侵袭感染，都有非常重要的作用。
感染艾滋病毒后，主要攻击人体免疫系统重要的CD4+T淋巴细胞，这种T淋巴细胞在免疫应答中，起很关键的作用。艾滋病毒侵入CD4+T淋巴细胞中，在细胞内复制、扩增，最后破坏T淋巴细胞，然后病毒释放，破坏更多的CD4+T淋巴细胞。
经过一段时间后，人体CD4+T淋巴细胞的数量就会明显下降，下降到一定程度后，如下降到200-300个/μL后，此时人体免疫系统无法维持正常运转，就会出现严重受损或崩溃状态，这时外界的病毒、细菌、真菌就会乘虚而入，出现多种机会感染。
此外，免疫系统受损后，也会失去免疫监视的功能，体内的恶性肿瘤细胞也会趁机增殖，会出现多种恶性肿瘤。