急性指骨骨髓炎应该及时的进行彻底清创处理、彻底清除感染的骨组织、死骨和软组织。手术以后根据药敏试验选择敏感的抗生素进行全身的抗感染治疗，大约需要1-3个月，防止其转变为慢性的骨髓炎。
如果已经形成慢性的骨髓炎则需要彻底地刮除病变组织，并彻底的切除窦道以及周围的皮肤软组织，彻底清除死骨，骨缺损处填塞抗菌素、人工骨或抗菌素骨水泥。术后需要用石膏或外固定架进行固定，防止病理性骨折的发生，同时进行全身的抗感染治疗，待感染控制以后再进行二期的植骨以及皮瓣的修复来修复手指的创面，对严重指骨骨髓炎如果不能够治愈则需要进行截指手术。