上颚囊肿一般多半可能是由于先天性的因素所导致，另外还有可能是由于后天的炎症以及相关的刺激所导致。要根据导致上颚囊肿形成的病因，而给予相应不同的治疗方案。
1、病理性上颚囊肿：对于如果是由于其局部的刺激性因素，如牙源性的因素所导致上颚囊肿，应该及时地找到相关病原牙，并且对病原牙进行相应的治疗。多半可能考虑进行根管治疗，将牙齿进行开髓引流，进行炎症的充分释放。另外再进行相应的髓腔以及根管内的牙髓去除，并且进行根管的预备，从而将根管以及根尖的炎症去除，从而最后再进行相应的消毒，将病原牙治愈后，上颚囊肿可能 也可以得到相应的改善；
2、先天性上颚囊肿：另外对于如果是先天性的上颚囊肿，或者是与牙源性感染无关的上颚囊肿，可能需要通过其术前的相关检查，如CT的检查进行定位，后续完善相关检查以后，再进行手术的治疗，术后根据病情结果决定进一步的治疗方案。