甲状腺囊肿有一部分特别小的囊肿，可能会自行消失、吸收。因此对于甲状腺囊肿的患者，建议做B超定期复查。对于特别小的囊肿，比如3-5mm的囊肿，不需要手术干预，也不需要服药，药物往往达不到效果。只需要每半年复查超声，有一部分小的囊肿可能就会消失。有的囊肿不变大，没有出现可疑的性质，不用进一步治疗，临床观察即可。
对于比较大的甲状腺囊肿，尤其是囊实性的肿物，要进一步做穿刺、活检，明确囊肿性质，避免发生恶变。甲状腺囊肿一般采取细针吸的方法，疼痛比较轻，不容易出血，往往在B超引导下对于囊液进行 穿刺，送到病理科进行化验，寻找肿瘤细胞。明确诊断为恶性肿瘤，需要进一步手术切除。