在医学上并没有湿疣这一疾病，实际是三种需要鉴别的疾病，分别是尖锐湿疣、假性湿疣和传染性软疣。可能因为这三种疾病都叫疣，所以有时会混淆，但这并不是同一种疾病。这三种疾病在形态学上有所区别，尖锐湿疣在形态学上类似于菜花状、草莓状或鸡冠状，这是尖锐湿疣较典型的形态；假性湿疣呈类似鱼籽状的形态；传染性软疣则往往在发病部位出现孤立的有蜡样光泽的半球状的一个小隆起。
这三种疾病发生的病因也不太一样。尖锐湿疣是由HPV感染造成，假性湿疣通常不是一种病态，而是来自于女性阴道炎，由于阴道分泌物较多而形成外阴的假性湿疣。传染性软疣是皮 肤黏膜接触之后形成孤立单发的病灶，由传染性软疣病毒造成，和HPV不是同一种病毒类型。男性的尖锐湿疣需与阴茎珍珠疹及皮脂腺异位症相鉴别，有时男性的尖锐湿疣可在系带旁形成系带旁丘疹，此时可能需要稍加鉴别。