一旦患者确诊为慢性丙型肝炎，且血液检测到HCV-RNA，即应进行规范抗病毒治疗，治疗前需根据病毒载量、基因分型、肝纤维化分期以及有无抗病毒治疗禁忌症等综合评估，目前临床有两种治疗方案：
1、聚乙二醇干扰素联合利巴韦林的方案：可应用于所有基因型HCV感染且无治疗禁忌症患者。禁忌症包括妊娠、精神病、神经系统疾病、失代偿期肝硬化、未控制的高血压及糖尿病、两岁以下儿童、贫血、中性粒细胞及血小板下降等。患者在接受PR治疗过程中，需根据治疗中病毒应答进行个体化治疗，治疗前、治疗4周、治疗12周及24周时需采用高敏方法检测HCV-RNA，评估病毒应答。其中基因1型或6型PR治疗基本疗程为48周，在治疗过程中需根据不同应答给予相应处理；基因2型、3型需根据病毒应答情况决定治疗疗程为24周、48周或中止治疗，治疗过程中需检测生化指标、甲状腺功能及血常规等；
2、DAA直接抗病毒治疗：DAA药物即为抗HCV的直接抗病毒药物，不同HCV基因型采用DAA治疗方案及疗程不同。因此患者进行DAA抗病毒治疗前需检测HCV基因型，并根据基因分型、治疗前基因型情况及治疗过程中病毒应答情况决定疗程为12周或24周，目前临床主要选择第二种方案。