房间隔缺损在幼儿期对小孩心脏影响较小，故一般不主张早期手术。除非房间隔缺损非常大、分流量很大，对心脏造成很大影响，才进行早期手术。如果中等程度或者更小房间隔缺损，其自愈率比其他高，可以选择临床观察。
一岁之前患儿的自愈可能性较大，所以可以观察到一岁。如果一岁之前没有自行愈合，以后如果影响不大则可以继续观察。但一般在一岁之后，其自愈几率相对较小。所以根据小孩发育情况，可以在学前期或者更早，即三岁左右、幼儿园时进行手术治疗。此种做法对小孩心理影响较小，但是临床也观察到甚至有更大年龄的患儿出现自愈情况。