查卵巢囊肿时，建议患者最好在月经刚干净时做B超通常结果比较准，通常由于部分卵巢囊肿为生理性囊肿，可能在月经刚干净时比较小，甚至根本就没有，可是在月经前检查，则发现有囊肿存在，在月经后检查则没有。
通常说由于卵巢囊肿为生理性，可能会随着月经的改变而改变。当月经中后期时，可能有些卵泡没有破裂，或多囊卵巢患者可能有很多卵泡，如果来月经后，卵泡破裂则不会发现，如果卵泡没有破，反而形成一个较大的囊肿，则有可能通过B超观察到。
部分患者在更年期前，即围绝经期前的时候，也会出现在月经中后期，出现卵巢增大的情况，而来月经后可能就会变小，则看不见囊肿。因此当一次检查发现卵巢囊肿时不要着急，并不一定是真的囊肿，应过1个月再复查一下，即月经后2-3天，最多不超过1星期进行复查，此时如果还有囊肿存在，则可能为真的囊肿存在。