扁桃体结石是由于扁桃体慢性炎症导致隐窝口炎症明显，食物残渣、脱落的上皮、细菌以及黏液等在隐窝口里形成颗粒样物，时间长之后，就钙化形成了结石。
一般情况下结石比较小或者是结石比较少，没有出现任何临床症状，不影响生活，通常不予处理，也不用特意去寻找结石。如果结石比较大或者结石比较多，也看得见，出现了症状，如咽部异物感、口臭、烧灼感、咽干等，通常要将大个的结石用棉签或者用口腔冲洗器取出。
同时还要给予含片、漱口水以及治疗咽喉炎的中成药进行治疗，一般经过2-3周，扁桃体炎的症状改善以后，结石逐渐减少，症状逐渐消失。如果扁桃体结石反复出现，并且面积比较大，通常可以行扁桃体切除手术。