肝内胆管结石手术存在一定的危险，但如果医生进行全面评估后建议手术时，一般都认为手术的危险不是特别高。
肝内胆管结石如果造成胆道梗阻，可能会诱发肝功能异常，严重者可以引起急性胆管炎，远期甚至存在诱发胆管癌的风险。所以，有指征的患者都应该在医生的建议下，排除身体不能耐受的情况以后，进行手术治疗。
手术主要包括经肝门部胆管切开的取石治疗及肝部分切除，对于存在肝门部或者肝内胆管狭窄的患者，手术中如果不能切除病灶，应该尽量对狭窄部位进行胆管成形，才能够减少术后结石复发的概率。
少数患者因为广泛、严重的肝内胆管结石，导致肝功能失代偿，可能需要肝移植进行治疗。与传统的肝部分切除和切开取石相比，肝移植治疗的手术风险相对更大。