PET-CT辐射较低，远低于辐射安全阈值，并且低于增强CT检查时的辐射剂量，因此PET-CT检查辐射剂量在安全范围内。该项检查的辐射来源主要分为两方面，包括PET和CT。其中CT随设备技术水平提高，CT辐射剂量逐渐降低，图像质量越来越清晰。PET同样随设备质量提高，应用放射药物的剂量逐渐降低，并且应用于PET检查的放射性药物是短半衰期低能的放射性药物，能量较低，短期内可以自动衰变、衰减。
在检查结束以后可以鼓励患者多饮水、多排尿，注射到体内的放射药物可以通过大小便排泄，例如常用的氟-18，半衰期不超过2个小时，此类药物很快可以通过尿液排泄，一般在24小时内体内放射线 可以达到正常水平。另外，考虑检查的正当性，将PET-CT作为肿瘤良恶性判断、治疗分期、治疗手段的选择等方面的考量，PET-CT在临床应用的意义远大于辐射对身体影响。并且辐射无处不在，不必过度担心，只需要科学认识辐射，则可以更好地服务于患者。