肛门闭锁是一种先天畸形，主要是肛直肠的畸形。理论上和大脑没有相关性，除了一部分伴有先天性愚型，或者先天性智力发育异常的孩子，是本身的智力问题，和肛门直肠没有必然联系。所以在临床上大多数肛门闭锁的孩子，经过良好的治疗之后，智力没有问题，和正常孩子一样学习和进步，不会影响成绩。
一些肛门闭锁的孩子，尤其是手术以后有排便功能异常的孩子，家庭环境和社会环境对其影响非常重大。因为这些孩子，可能排便有些功能障碍，肛门有失禁、粪污，家长和社会的态度会造成孩子心理上的阴影和障碍，甚至有些孩子会因其自闭、忧郁、交流障碍，是非常值得关注的。
所以肛门闭锁的孩子，要给予足够的关心、爱护，不应该给任何歧视。一些家庭环境非常好的孩子，父母非常关心，尽管手术以后肛门排便功能有异常，甚至有粪污，但是还是非常健康的成长和发育，而且读书成绩非常好。