扁桃体结石类似于石头，通常有一定硬度，但没有石块坚硬。部分患者的扁桃体结石较松散，轻微用手指碾压会碎掉，部分患者的扁桃体结石可能偏硬，触摸时可能有沙砾感。但扁桃体结石无论是软还是硬，其成因基本相同，所在部位也基本相同，通常存在于扁桃体隐窝内，是指扁桃体表面上皮向扁桃体实质内深入的盲管。
扁桃体结石是平时所吃食物的残渣、无机盐及口咽部分泌物裹着病毒和细菌的分解代谢物一起沉积在扁桃体隐窝内，形成形状大小不一的团块样组织。扁桃体结石的硬度主要取决于无机盐含量，无机盐含量越多，硬度越高，所以扁桃体结石的严重程度与硬度没有必然的直接联系，属于一种良性病变。