孩子咳嗽、头疼不一定是脑炎，咳嗽是机体主动的防御性反应，呼吸道受到各种原因的刺激后，发生呼吸肌参与的气压增高，引起主动排出的动作，就称为咳嗽。咳嗽时胸腔压力增高，如果咳嗽较剧烈，这时血流灌注会向反向走，引起颅内血液灌注增多，导致颅内压力暂时性升高，可以引起头疼，此时的头疼一般为暂时性，以头部胀疼，或者太阳穴区域的跳动性疼痛为主要表现，一般疼痛程度较轻。极个别持续性的剧烈咳嗽，引起颅内血管的破坏性损伤，这时会引起剧烈的头疼，但绝大部分是轻微、短暂、偶发的头疼。
同时咳嗽可能是急性呼吸道感染的临床表现，可能伴有发热、恶心、流鼻涕、鼻塞等非特异性的表现，这时可以引起血管的收缩功能障碍，表现为头疼。如果头疼伴有脑炎的症状或者体征，包括意识水平下降、 抽风、喷射性呕吐，剧烈、持久的头疼，以及神经系统病理征时，要注意呼吸道感染合并脑炎的可能性。 此时家长一定要带着孩子到正规医院，进行规范的诊断和治疗，以提高临床效果，达到治愈。