肛瘘一般继发于肛周脓肿或者肛周感染。肛门周围发生感染或者脓肿以后由于脓肿破溃，或做脓肿的切开引流后，外口持续不愈合会形成慢性肛瘘。另外，肛瘘和肛周脓肿只是肛门周围感染性疾病的不同阶段。脓肿一般都是急性期，脓肿引流后有内口和外口相通，慢慢形成窦道就可以形成慢性期。
还有少见疾病，比如溃疡性结肠炎、克隆氏病、恶性肿瘤等疾病并发肛瘘，其肛瘘与普通肛瘘又不同。其发病比较缓慢，而且治疗效果也不好，常不能愈合。这种少见疾病不仅应该治疗肛瘘，更重要的是治疗原发病，比如治疗溃疡性结肠炎、克隆氏病等，效果才能更好。