牙根疼一般是牙根发炎，通常称根尖周炎，包括急性根尖炎和慢性根尖周炎，可以选择以下几种药物治疗：
1、抗厌氧菌药物：一般首选具有抗厌氧菌作用的药物，如硝基咪唑类的药物，包括甲硝唑、替硝唑、奥硝唑；
2、广谱抗生素：对牙周、牙根的细菌也比较敏感，如克林霉素、四环素、罗红霉素类的药物；
3、其他：甚至可以在硝基咪唑类抗生素的基础上，联用广谱抗生素，如头孢类或青霉素类的药物，可以和甲硝唑、替硝唑类的药物联合应用。
但是局部用药仅对牙周的炎症有用，对根尖周炎的治疗效果不是特别明显。 如果出现根尖周炎，建议最好不要只靠药物解决，因为根尖周炎通常需要去掉牙齿的腐质，然后做根管治疗。做完根管治疗后补牙，如果缺损较大，可能需要做冠，甚至做桩冠解决问题。