吃紧急避孕药，多数情况下不会导致多囊卵巢综合征发生，但如果频繁使用紧急避孕药，或受个人体质影响，可能会导致该疾病发生。研究发现，反复多次使用紧急避孕药，可能会使女性之后患有多囊卵巢综合征。紧急避孕药含高效孕激素，通过干扰受精卵着床，改变子宫内膜接受胚胎的状态，从而起到紧急避孕作用。
紧急避孕药服用后，会干扰体内激素水平，出现孕激素一过性上升又急速下降，可能会干扰正常月经周期，出现月经紊乱，还可能会干扰正常内分泌而出现内分泌紊乱。如果自身较敏感，或使用紧急避孕药的频率过于频繁，以及自身有易发因素，如因遗传因素而有发生多囊卵巢 综合征的高风险，或本身超重或肥胖，加上自身有该病的易感性，可能在使用紧急避孕药次数过多后，患有多囊卵巢综合征。