在使用抗生素的时候，一方面要考虑到细菌的种类，另一方面也要考虑到感染的部位，因此，针对大肠杆菌感染用什么药最好的问题，没有特别肯定的答案。大肠杆菌本身是一种常见的细菌，很多常见的只要是能够覆盖到杆菌的抗生素，都有比较好的效果。
近几十年出现的新抗生素，都对大肠杆菌的效果比较理想。大部分的头孢类，尤其头孢二代、头孢三代等药物，对大肠杆菌感染的治疗效果比较好。还有喹诺酮类抗生素，比较代表的是左氧氟沙星、莫西沙星等药物，对于大肠杆菌效果也比较理想。
但是在选 择具体药物的时候，要考虑到感染的部位是常见的呼吸道，还是泌尿系统、胆道系统。如果是胆道系统，可能针对性使用头孢哌酮、头孢曲松这类在胆道系统中浓度比较高的抗生素。
虽然理论上来讲，大多数药物都对大肠杆菌感染有效，但是一定要注意部分大肠杆菌有耐药性，耐药性大肠杆菌要根据药敏去选择敏感的抗生素，因此，选择抗生素是比较复杂的事情，不是简单的一句用什么药最好就能够概括。