通常治疗原发性三叉神经痛药物同样可以治疗舌咽神经痛，如卡马西平。中药治疗以辨证论治为主，基本以活血止痛作为基础治疗，佐以祛风散寒、清热熄风、化痰通络、平肝潜阳等。针对每个患者舌苔、脉象、不同体质和情况进行辨证施治。
舌咽神经痛是一种舌咽神经分布区的发作性剧烈疼痛，疼痛性质与三叉神经痛相似，较为剧烈可以达到10级疼痛。表现为针刺样或闪电样的间歇发作疼痛，每次几秒钟过去，反复发作。舌咽神经痛一般区域在扁桃体、舌根、咽部、耳道深部部位，可以由于吞咽、说话、打哈欠、咳嗽动作触发疼痛，同时可以伴有喉部痉挛感。部分患者会有心律失常、短暂间歇停搏的情况。