革兰阴性杆菌是医院感染最常见的病原体，包括鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌等。普通的革兰阴性杆菌主要使用头孢三代抗生素进行治疗，包括菌血症、某些尿路感染，还可以使用喹诺酮类药物。
如果是耐药的革兰阴性杆菌，比如产ESBLs的革兰阴性杆菌，需要使用含酶抑制剂的药物，例如哌拉西林钠他唑巴坦钠、头孢哌酮钠舒巴坦钠等。如果是特别耐药的革兰阴性杆菌，如多重耐药菌或泛耐药菌、碳青霉烯类的耐药菌感染，还要使用治疗多重耐药菌的药物，如替加环素、多粘菌素等药物。对于革兰阴性杆菌，还有比较强效的药 物，例如碳青霉烯类的亚胺培南-西司他丁钠和美罗培南等，这些药物的抗菌活性和抗菌最广，常用于治疗革兰阴性杆菌导致的菌血症，或者脓毒血症等疾病。