结核属于一种常见疾病，自然肠结核发病率多见。而对于一些肠道溃疡患者，也需要考虑克罗恩病诊断。克罗恩病和肠结核鉴别较为困难，因为两种疾病临床表现，结肠镜下所见和活检一般无特征性区别。肠结核干酪性坏死性肉芽肿是特异性病理诊断，但是这种病理诊断在活检中检出率较低，因此，在活检未见干酪性坏死性肉芽肿情况下，鉴别诊断应该对临床表现，结肠镜下所见和活检结果进行综合分析。倾向于克罗恩病的诊断例如肛周病变、肛瘘，肛周脓肿并发瘘管、腹腔脓肿，反复出现口腔溃疡、皮肤结节性红斑，结肠镜下可见典型纵行溃疡，典型卵石样外观，病变累及≥4个 肠段，病变累及直肠肛管。
倾向于肠结核诊断的例如伴活动性肺结核、PPD强阳性，结肠镜下见典型环形溃疡，回盲瓣口固定开放，活检见肉芽肿分散在黏膜固有层且数目众多，直径大，特别融合抗酸染色阳性。可以借助其它辅助检查，例如活检组织结核分枝杆菌DNA检测阳性，有助于肠结核诊断，T-SPOT阴性有助于排除肠结核。CT检查见腹腔肿大淋巴结坏死有助于肠结核诊断。鉴别确实仍然困难，可以给予诊断性抗结核治疗，治疗一般2-4周内症状明显改善，并于2-3月后结肠镜复查，发现病变痊愈或明显好转，支持肠结核诊断，可以继续完成正规抗结核治疗。