颅底肿瘤手术发生颅内感染可能是手术本身造成，是原有颅腔相对密闭的环境开放，使原有无菌颅内组织与相对存在细菌的口、咽、鼻、耳道相接触、相连通，大量颅外细菌可进入颅内造成颅内感染。如患者术前存在口、咽、鼻、耳等颌面部局部感染病灶，头皮或面部皮肤表面有疖或痈，甚至是远处病灶，如肺部慢性炎症疾病、泌尿系统慢性感染、细菌性骨髓炎等，都有可能导致细菌通过手术路径向颅内转移，当患者出现抵抗力下降时，也会发生颅内感染等情况。
当出现颅内感染后，需要及时正规应用抗生素进行抗细菌治疗，必要时行脓液引流，促进颅内的脓液流出。也可以通过不断改进手术室无菌的环境、严格的无菌操作来减少颅内感染发生的可能，而且这种情况一般可以治愈，不要过于担心。近年来随着不断改进，微创手术已大大降低了术后感染的发生率。