脓毒症是指各种病原微生物导致机体感染后所引起的机体免疫反应失调，造成危及生命的器官功能障碍。常见可以引起脓毒症的病原微生物包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等。机体可以引起脓毒症的常见细菌包括革兰氏阴性杆菌，例如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌等。还有革兰氏阳性球菌，例如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等。厌氧菌包括芽孢杆菌、脆弱杆菌等。
机体免疫力低下时如果出现皮肤软组织感染，可能引起脓毒症最常见细菌是阳性球菌。胃肠道最常见感染为革兰氏阴性杆菌，例如患者出现急性化脓性胆管炎所引起脓毒症，常见细菌包括革兰氏阴性杆 菌以及厌氧菌。