通常并不是所有的巧克力囊肿患者均需进行手术，是否需要进行手术需根据囊肿情况、伴随症状等方面进行判断，具体情况如下：
1、药物治疗：巧克囊肿可能引起痛经、不孕等问题，如果患者无明显不适，仅为体检时发现，且囊肿体积较小，此时无需着急进行手术，可以进行保守治疗。巧克力囊肿的药物治疗包括口服避孕药、口服高效孕激素，如地诺孕素等药物，或使用曼月乐等宫内节育器，也可以治疗巧克力囊肿，抑制体内雌激素的注射剂药物也可以用于治疗巧克力囊肿。祖国医学的中医、中药，对巧克力囊肿也有一定治疗作用；
2、手术治疗：如果 巧克力囊肿体积较大，如超过4cm，或合并不孕、怀孕流产等情况，此时需要积极进行治疗，可能需要进行手术治疗。