鼻中隔穿孔不会导致明显的不适、不良刺激和不良后果，可以暂时不用治疗。但部分鼻中隔偏曲、鼻中隔穿孔的患者会有不舒服的症状，比如在呼吸时会有哨音，或者鼻中隔穿孔过大，可能会导致鼻阻塞感、鼻咽部疼痛以及头痛。如果症状持续加重或者持续不缓解，需要考虑适当治疗，通过手术修补鼻中隔穿孔。
鼻中隔穿孔的手术有时修补不成功，建议到大医院寻求手术经验多的医生主刀，才能尽量提高手术修复成功率。因为鼻中隔穿孔周围的组织相对少，修复时容易产生张力，不易愈合，甚至有时候会修复80%，留有小窗口，但同样可消除鼻中隔穿孔的症状。